Si comme moi vous vous demandiez si il est possible de bloquer le clavier et la souris d'un utilisateur en .net, la réponse est oui !
Pour cela il faut utiliser une API de windows et donc faire un petit DllImport [DllImport("user32.dll">)]
public static extern bool BlockInput(bool fBlockIt);
Attention cela ne bloque pas le Ctrl + Alt + Suppr heureusement...
Maintenant si vous voulez envoyer des commandes à une application pas de problème il faut utiliser la classe SendKeys qui se trouve System.Windows.Forms.
Bon voilà un petit exemple avec la Calculatrice de windows
//Bloc les entrées
BlockInput(true);

//Démarre la calculatrice
Process.Start("calc");

// Ajoutez la référence a Microsoft.VisualBasic.dll
Interaction.AppActivate("Calculatrice");

// Exécute un calcule
SendKeys.SendWait(>"20*20{enter}");

//débloc les entrées
BlockInput(false);